Hinlopenstretet er antakelig oppkalt etter Thymen Jacobz Hinlopen som fra 1617 var en av lederne i det hollandske handels- og hvalfangstselskapet Noordsche Compagnie. Hvis dette stemmer, ble stredet oppdaget meget tidlig. Det samme navnet er nedtegnet på Blaeus kart fra 1662. Andre samtidige, som Valk og Schenk, bruker navnet Waygat. Begge navn ble brukt fram til Scoresby i 1829. I 1827 dro løytnant Foster, en av deltakerne på Parrys ekspedisjon, sørover i Hinlopenstretet for å kartlegge stredet mens Parry var opptatt med sitt forsøk på å nå Nordpolen. Foster seilte så langt sørover i Hinlopenstretet som til øya som er oppkalt etter ham, og kunne bekrefte at nesten alle nedtegnelsene på det gamle hollandske kartet stemte med hans egne observasjoner. Det kartet Foster verifiserer er trolig Giles og Reps kart fra 1714.
I 1864 reddet Nordenskiöld mannskapene på seks robåter i Hinlopenstretet. Mannskapene hadde sett seg tvungne til å forlate tre fangstskuter som lå innefrosset i isen sør for Kapp Leigh Smith, lengst nordøst på Nordaustlandet. De valgte å ro rundt sørsiden av Nordaustlandet og videre opp Hinlopenstretet for å finne fram til andre skuter som kunne redde dem. På denne tiden ble det altså regnet som mer sannsynlig å finne andre fangstskuter langs nordsiden av Svalbard enn i Storfjorden eller ved Edgeøya.