Sverdrup ble skuffet de første månedene ved Scripps. Institusjonen var oseanografisk bare i navnet. Det eksisterte ingen muligheter for systematisk arbeid på sjøen. Uten en klar oseanografisk målsetting utviklet institusjonen seg bare som en paraply for en rekke uavhengige delstudier i hver sine laboratorier. Personalet var i høy grad demoralisert.
I 1937 hadde Sverdrup begynt å forbedre forholdene betraktelig. I særdeleshet innså han nødvendigheten av å finne nye "velgjørere" for understøttelse av oseanografisk forskning. På samme måte som for den banebrytende svenske og norske havforskningen viste fiskerinæringen seg å være mest interessert i å støtte fysisk og biologisk havforskning, i det minste før den annen verdenskrig. For Sverdrup ble derfor den dengang så viktige californiske "sardin-økonomien" spesielt avgjørende.
Med assistanse fra Fisk- og viltkommisjon organiserte han den første systematiske studie av havet utenfor California-kysten. Uforklarlige forandringer i sardinbestanden førte ofte til økonomiske vansker. Denne undersøkelsen, som ga klar innsikt i lokale strømmers og vannmassers egenskaper, gjorde at Sverdrup øynet en mulighet til å styrke SIO. Han ønsket et omfattende forskningsprogram for det østlige Stillehavet utenfor California-kysten. Han ville styrke kontakten mellom biologisk, kjemisk, geologisk og fysisk oseanografi i et prosjekt som kunne integrere vitenskapelige og samfunnsmessige interesser. For å rasjonalisere sardinindustrien var dette en nødvendighet. Dessuten - uten å ha industrien som begrunnelse ville støtten til forskning bli minimal.